Выделение, определение нуклеотидной последовательности и сравнительный анализ плазмид бактерий Bacillus pumilus

Вернуться к списку статей
Доклады Башкирского университета. 2018. Том 3. № 4. С. 397-402.

Авторы

Евдокимова О. В.*
Институт микробиологии НАН Беларуси
Беларусь, 220141 г. Минск, улица Купревича, 2
Валентович Л. Н.
Институт микробиологии НАН Беларуси; Белорусский государственный университет
Беларусь, 220141 г. Минск, улица Купревича, 2; Беларусь, 220030 г. Минск, проспект Независимости, 4

Абстракт

В ходе исследования были выделены плазмиды природных бактерий B. pumilus , циркулирующих на территории Беларуси. По размеру и рестрикционному профилю внехромосомные генетические элементы были распределены в 7 подгрупп. Определены полные нуклеотидные последовательности представителей каждой из семи подгрупп, установлена принадлежность данных плазмид к семейству рС194 (RCR тип). В результате сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей и предсказанных аминокислотных последовательностей были выявлены консервативные локусы, характерные для большинства плазмид данного семейства, в двух плазмидах были определены уникальные модули (мигрирующий элемент pBP-T2 и ParAВС рВР-6322).

Ключевые слова

  • Bacillus pumilus
  • внехромосомные генетические элементы
  • плазмиды

Литература

  1. Lovett, P. S. Biochemical studies of two Bacillus pumilus plasmids / P. S. Lovett, M. G. Bramucci // J. Bacteriol. - 1974. - Т. 120, №1 - С. 488-494.
  2. Титок, М. А. Плазмиды грамположительных бактерий / М. А. Титок. - Минск: БГУ, 2004. - 130 с.
  3. Identification, sequencing and comparative analysis of pBp15.S plasmid from the newly described entomopathogen Bacillus pumilus 15.1 / D. C. Garcia-Ramon [et al.] // Plasmid. - 2015. - Vol. 82 - P. 17-27.
  4. Евдокимова, О. В. Биохимическая и молекулярно-генетическая характеристика бактерий Bacillus pumilus, изолированных на территории Беларуси / О. В. Евдокимова, В. Е. Мямин, Л. Н. Валентович // Журнал Белорусского Государственного Университета Биология. - 2018, №1 - С. 38-49.
  5. Rolling-circle plasmids from Bacillus subtilis: complete nucleotide sequences and analyses of genes of pTA1015, pTA1040, pTA1050 and pTA1060, and comparisons with related plasmids from gram-positive bacteria / W. J. Meijer [et al.] // FEMS Microbiol. Rev. - 1998. - Vol. 21, №4 - P. 337-368.
  6. Тойменцева, А. А. Генетические механизмы адаптации бацилл / А. А. Тойменцева, М. Р. Шарипова // Микробиология. - 2013. - Т. 82, №3 - С. 259.
  7. Gleave, A. P. Use of a novel cassette to label phenotypically a cryptic plasmid of Bacillus subtilis and map loci involved in its stable maintenance / A. P. Gleave, A. Mountain, C. M. Thomas // J. Gen. Microbiol. - 1990. - Т. 136, №5 - С. 905-912.

Isolation, sequencing and comparative analysis of Bacillus pumilus plasmids

Authors

Evdokimova O. V.*
Institute of Microbiology, National Academy of Sciences
2 Kuprevich Street, 220141 Minsk, Belarus
Valentovich L. N.
Institute of Microbiology, National Academy of Sciences; Belarusian State University
2 Kuprevich Street, 220141 Minsk, Belarus; 4 Niezaliežnasci Avenue, 220030 Minsk, Belarus

Abstract

Plasmids of natural B. pumilus bacteria isolated in Belarus were recovered. Extrachromosomal genetic elements were divided into 7 subgroups by size and restriction profile. The complete nucleotide sequences of plasmids representing each of subgroups were determined, allowing to affiliate them to pC194 family (RCR type). Comparative analysis of nucleotide sequences and predicted amino acid sequences has revealed conservative loci typical for most plasmids of the family. The unique modules (migrating element pBP-T2 and ParABC pBR-6322) were detected.

Keywords

  • Bacillus pumilus
  • extrachromosomal genetic elements
  • plasmids
Вернуться к списку статей